Niebardzo rozumiem twoje pytanie, ale ogólnie 'having' może się pojawić w dwóch przeszłych czasach

Past Continous: was/were + czasownik z "ing"
I was having a shower when the phone rang.

Present Perfect continous: have benn / has been + czasownik z ing
Tom has been having a bath.

tequily, twoja odpowiedź chyba nie jest do końca sprecyzowana. Zacznijmy od tego, że pytanie zostałoby zrozumiane, gdyby kliknąć na podany link i zobaczyć jak jest użyte "having". Poza tym piszesz, że w czasach przeszłych. A co z future perfect continuous przy użyciu "have a shower"?
OK. teraz moja odpowiedź.
Wiem że jest to tzw. forma perfect gerund, używana po wyrazach po których musi być czasownik z końcówką "ing".
Niestety, jeśli chodzi o dokładniejsze wytłumaczenie, to musimy poczekać na mądrzejsze głowy, choć przydałoby się w tej lekcji jakaś dokładniejsza wzmianka, a nie tylko kilka przykładów, i człowiek musi sam się domyślać zasad zastosowania.

Z tego co się dowiedziałem:
zamiast zastosowania czasownika z "ing" używamy formy perfect gerund, która wyraźnie odsyła nas w przeszłość.
Pomimo nazwy nie zachowuje ona zasad czasów perfect, gdyż można po niej stosować określenia czasowe, tak jak w present simple. Nie ma obowiązku jej zastosowania, więc równie dobrze możemy użyć czasownika z "ing", lecz w tym wypadku nie określamy dokładnie, że chodzi o przeszłość. Polskie tłumaczenie jest w zasadzie takie samo w obu wypadkach, a to co podaje e-tutor jest po prostu po to, aby zwrócić uwagę na niewielką różnicę w zastosowaniu obu form.