Zdanie "Say what's in your heart" jest gramatycznie poprawne. "What" pełni tu funkcję podmiotu w zdaniu złożonym (którego pierwszą częścią jest "Say"), a w takich przypadkach nie stosujemy inwersji. Nieco inaczej wyglądałoby, gdyby po "Say" był przecinek, wtedy druga część stanowiłaby odrębne zdanie i inwersja miałaby zastosowanie: Say, what in your heart is?". Różnica w tłumaczeniu na polski byłaby taka, że pierwsze tłumaczymy jako "Powiedz co czujesz." a drugie "Powiedz, co czujesz?" (czyli wyraźna spacja pomiędzy pierwszą a drugą częścią zdania).
Inna sprawa, że ja bym chyba zapytał "What goes on in your heart?", pewnie dlatego, że tak śpiewali Beatlesi :) (swoja drogą w piosence jest to pytanie bez zastosowania inwersji i czas dla celów lirycznych chyba też nie bardzo, powinno chyba być "What is going on in your heart?"