Nie ma żadnej różnicy, można stosować zamiennie.

Tutaj jest ciekawa dyskusja https://forum.wordreference.com/threads/it-cant-have-been-true-vs-it-couldnt-have-been-true.2240896/.

Użytkownik Thomas Tompion tak te różnice opisał:

"He can't have been a sailor" is used when we are considering now whether he has been a sailor;
- czyli "On nie mógł być żeglażem" - gdy to mówimy w chwili obecnej.

"He couldn't have been a sailor" - is used when talking about how we were considering then (at some established time in the past) whether he had been a sailor.
Tutaj tłumaczenie jest takie samo, "On nie mógł być żeglażem" - gdy to mówimy o jakimś miejscu w przyszłości.

Dla dwóch Amerykanów konstrukcja "He can't have been" - była obca i mało spotykana.

Cześć :)

Zachęcam do przeszukiwania forum, bo podobne wątki były już kiedyś poruszane. Podrzucam parę linków:

1) https://www.etutor.pl/forum/thread/99201-Nie_rozumiem_kiedy_uzywac_can_a_kiedy_could_czy_to_jest_zamienne.html#unread

2) https://www.etutor.pl/forum/thread/725598-Czym_sie_rozni_-_I_couldn%27t_od_I_couldn%27t_have.html?unread

"Couldn't have been" odnosi się do dalszej przeszłości, a "can't have been" do nieco bliższej przeszłości. Używając jednego z tych czasowników modalnych dajemy odbiorcy do zrozumienia o jakim przedziale czasowym mowa.