Wydaje mi się, że "in school" ma nieść za sobą przekaz, że ktoś jest uczniem.
"At school" natomiast, że jest się w szkole np. na zajęciach. Nie wiem czy o to chodzi, ale ja tak to sobie tłumaczę.

Cześć,

tak jak wyjaśnia Jakub, różnica polega na tym, że "in school" używamy mówiąc o tym, że ktoś aktualnie posiada status ucznia/studenta niekoniecznie znajdując się w tym samym momencie w szkole/na uczelni, np. "My brother is still in school because he repeats a class." (Mój brat jest wciąż uczniem, ponieważ powtarza klasę). Tutaj link do hasła: https://www.diki.pl/slownik-angielskiego?q=in+school

"At school" odnosi się do fizycznego przebywania w szkole, czyli "My brother is at school. He finishes classes at 3 o'clock" (Mój brat jest w szkole. Kończy lekcje o 3). Tutaj link do hasła: https://www.diki.pl/slownik-angielskiego?q=at+school