Poprawność zdania "When you said that there is shortage, what did you mean?"

https://learnenglish.britishcouncil.org/intermediate-grammar/reported-speech-1
cytując "It isn’t always necessary to change the tense. If something is still true now – he still works in Italy – we can use the present simple in the reported sentence."
nie zawsze trzeba modyfikować czas. Jeżeli coś nadal pozostaje takie samo jak w przeszłości to czas pozostaje ten sam. W twoim przypadku, skrót instniał i nadal istnieje więc czas nie został "cofnięty" do przeszłego.