Z tego co rozumiem pytasz o sytuacje w ktorej kiedys sie z kims spotykales, a teraz juz nie jestescie razem - czyli pytasz o to przez jaki okres w przeszłości byliście razem.
Jesli chodzi o twoje tłumaczenie "How long have you been together?" - niewatpliwie oznacza "Jak długo jesteście razem?"
Jednak z definicji - Pres. Perf. opisuje tez doswiadczenia i przezycia z przeszlosci - takze jest poprawny również w sytuacji pytania "Jak długo byliście razem?".
Jesli koniecznie chcesz zaznaczyc fakt zakonczenia tej znajomosci w przeszlosci to proponuje to wplątać w pytanie np. "How long had you been together before you broke up?" :)

Zdanie "Jak długo byliście razem?" napisałabym po angielsku po prostu w czasie Past Simple, ponieważ sama forma "byliście" sugeruje zamkniętą przeszłość.
How long were you together? - było i raczej nie wróci.

W zdaniu "Jak długo/od jak dawna jesteście razem?" należy zastosować czas Present Perfect, ponieważ "bycie razem" zaczęło się w przeszłości i trwa
How long have you been together? - od kiedyś tam aż do tej pory (i do skończenia świata, a nawet dzień dłużej?)

Dania57 ma rację - zdania w Present Perfect oznaczające to, jak długo coś trwa, najczęściej tłumaczy się na czas teraźniejszy.


PS. Bardzo słuszna jest uwaga danane zawarta w ostatnim akapicie - można na upartego zastosować czas Past Perfect (zaprzeszły) - jeszcze bardziej przeszły od przeszłego (Past Simple).