Jeżeli się nie mylę to:
Where were you? Past Simple Gdzie byłeś? np. żona pyta się męża gdzie był na następny dzień, widząc go skacowanego.
Where have you been? Present Perfect Continuous Gdzie byłeś? np. żona otwierając drzwi o 4 rano widząc męża "w stanie nieważkości" pyta się gdzie był (tutaj mamy ciągłość przeszłości do teraźniejszości).

1. "Where have you been" to nie Present Perfect Continuous, tylko Simple.

2. "Where were you" - kiedy jest to pytanie szczegółowe, odnoszące się do dłuższej wypowiedzi.
Możliwe konteksty:
a) "Where were you when we were getting high" z utworu Oasis "Champagne Supernova".

b) A - "I'm sorry I couldn't make it last night. I wasn't at home"
B - "Oh really? So, where were you?"

3. "Where have you been" - głównie używane w kontekstach, kiedy jakaś osoba świeżo pojawia się w jakimś miejscu, i może usłyszeć od innych, którzy na niego czekali:
"Where have you been?" (np. kiedy ktoś się spóźnia do pracy, albo kiedy wraca późno do domu, a ktoś na tę osobę czekał)

4. Czasy Perfect z reguły nie są używane w Stanach Zjednoczonych. Oznacza to, że "Where were you" użyte byłoby zarówno tak, jak w punkcie 2 jak i 3.