Dlaczego w zdaniu "Do cats have whiskers? Yes, they do. " uzyte jest "they" do kotow?

"It" jest w liczbie pojedynczej - zamiast zwierząt i rzeczy.
W liczbie mnogiej "oni/one" to zawsze "they" - niezależnie od tego, czy są to ludzie, zwierzęta czy rzeczy.

Istnieje oczywiście zaimek "its" - ale nie jest to, jak sugerujesz, liczba mnoga od zaimka "it", lecz jego forma dzierżawcza, odpowiadająca na pytanie "czyj?". This is a cat. Its tail is long.

liczba mnoga "it" to "they", a ponieważ kotów jest dużo używamy "they"