Można tutaj powiedzieć to na oba sposoby. Natomiast jest nieznaczna różnica w tym, co podkreślamy.

She is gone - Podkreślamy fakt, że jej tu nie ma. Skupienie na jej nieobecności.
She has gone - Podkreślamy fakt, że ona poszła. Skupienie na tym, że wyszła/poszła.

Są też inne drobne niuanse - "she is gone" będzie często użyte wtedy, gdy ktoś już wyszedł i raczej prędko (lub wcale) nie wróci. Używa się tej frazy, żeby powiedzieć, że ktoś umarł, albo odszedł na stałe.
Dochodzi jeszcze kwestia tego, że w mowie najczęściej używa się formy skróconej "She's gone", co wcale sprawy nie ułatwia. Pomóc może to, że w przypadku "has gone" można spotkać jeszcze na końcu np. "away": "She has gone away"