Ja bym raczej użył past perfect w drugim członie zdania. To typowy podręcznikowy przykład kiedy uzywamy past perfect.
When I came back it hadn't been yet.

OK. Past perfect można - na pewno nie Present perfect (poprawna forma to IT HASN'T BEEN THERE YET).
A IT. cokolwiek to jest trzeba dopełnić, bo to zdanie nie ma sensu:
-It hadn't been valid yet.
-It hadn't been there.
-It hadn't been working etc...

:)

Zgadzam się z przedmówcami co do czasu - lepszy Past Perfect niż Present Perfect.
Pozwolę sobie jednak zwrócić uwagę na inną kwestię: Wydaje mi się, że "yet" w przeczeniach ma znaczenie "jeszcze nie": Kiedy wróciłem, jeszcze tego nie było: When I came back, it hadn't been there yet.

Nie wiem, skąd pochodzi zdanie i co w tym przykładzie można uznać za priorytet - czy poprawność tłumaczenia, czy potrzebę użycia właściwego czasu w zdaniu, w którym już coś narzucono, np. "yet" na końcu.

Wbrew temu, co mówią gramatykach na poziomie dość podstawowym, ja bym tu użyła "already", niewykluczone, że zdanie z Past Simple byłoby wystarczająco czytelne: When I came back, it already wasn't there.
Ewentualnie można by wymienić czasownik na "disappeared" lub "gone":
When I came back, it had already disappeared/gone.
Wtedy znaczenie jest bliższe.