I think, there are a lot of the cafe on this place

It absolutely means that that place abounds in cafes. Another useful expression meaning more or less the same:
"The main street lines with restaurants"

Zaznaczona przez Ciebie odpowiedź jest być może bliska poprawnej, ale to ta proponowana przez system jest poprawna.
Twoja odpowiedź oznacza: Jest tam wielu ludzi odwiedzających kawiarnie.
Poprawna wg systemu: Jest wiele kawiarni/kawiarń w tym miejscu. (choć mogą świecić pustkami)
A zatem sformułowanie: "a place is crowded with many cafes" zawarte w pytaniu bliższe jest odpowiedzi poprawnej wg autorów ćwiczenia.
Myślę, że w błąd mógł wprowadzić Cię fakt, że zwykle używamy rzeczownika "crowd" i przymiotnika "crowded", mając na myśli "tłum", a więc duże nagromadzenie LUDZI.
Tu jeszcze doszedł przyimek "with", który w tym akurat zdaniu nie oznacza "z", a informuje, że rzeczownik jest w narzędniku, dosłownie: miejsce jest zatłoczone (czym?) kawiarniami.
Takie "with" stosuje się tam, gdzie mowa o narzędziu lub innej rzeczy, za pomocą której coś robimy, np.
I correct tests with a red pen. - Poprawiam testy czerwonym długopisem.
I write with my right hand. - Piszę prawą ręką.
"With" tu w ogóle nie tłumaczymy, ale następny rzeczownik jest w narzędniku właśnie (czym?)
Warto tę osobliwość zapamiętać, bo w innych językach też występuje.