Masz rację, że w zasadzie powinno być inaczej.

Jak zauważyłeś, w pytaniach kolejność podmiotu i orzeczenia jest odwrócona. W przypadku auxiliary i modal verbów trochę się to różni, ale już bez szczegółów. Chodzi w końcu o twój przykład.

Affirmative (zdanie twierdzące):
Your vessel (subject) is (verb) at anchor (preposition).

Question:
Is (V) your vessel (S) at anchor? (PREP)

To jest poprawna, klasyczna gramatyka. Oprócz tego istnieje mowa potoczna, uliczna, codzienna, która narusza te zasady, zwykle dla ułatwienia.

Zdarza się, że w mowie (w tekście raczej nie) zadaje się pytanie w taki sam sposób jak zdanie twierdzące, tylko na koniec zmienia się tonację głosu, żeby było słychać, że to pytanie. Przede wszystkim w nieformalnych rozmowach. Na przykład:
> I’m not sure if that rumor is true. Did John kick Stanley?
> Hey, what happened? John kicked Stanley?

A teraz wyobraźmy sobie dwóch lordów rozmawiających przy herbacie.
> Did you hear that, sir?
> Yes, indeed. That was a terrible noise.

I dla odmiany dwie osoby rozmawiające na ulicy.
> Hey! You heard that?
> Yeah, dude.

Pytanie można zadać w postaci zdania twierdzącego, ale to jest nieoficjalna forma. W podręcznikach powinna być ta najbardziej dokładna.

Chyba wiem, skąd nieporozumienie.
Udało mi się znaleźć fragment tego podręcznika i z tego, co widzę, stronę przed zdaniem, o którym piszesz, jest:
"Pytanie z powyższego przykładu można zadać w prostszej formie. Choć nie jest ono wówczas gramatycznie poprawne, jest wciąż całkowicie zrozumiałe: QUESTION you want enter harbour?"
Książka wymienia zwroty, których używają żeglarze. Dla uproszczenia w komunikacji nie zawsze stosuje się "poprawną" gramatykę, bo i tak da się zrozumieć komunikat.
To pytanie "QUESTION, your vessel is at anchor?" działa na takiej samej zasadzie, jak przykład z "harbor".

Być może autorzy mogli położyć większy nacisk na to, że to nietypowy język. Z takiego specjalistycznego podręcznika lepiej nie uczyć się gramatyki, bo będzie zawierał różne nieformalne zwroty. Szczególnie przydatne na morzu.