"Why have you stopped?" jest w czasie Present Perfect (Lekcja 69, A2).
Używa się go między innymi podczas mówienia o czynnościach, które wydarzyły się w przeszłości, a ich skutki odczuwalne są w teraźniejszości My shoes are clean. I have just cleaned them.

Ale wg. tego co napisano w lekcji 69 (https://www.etutor.pl/lekcje/1069/15649/) jeśli nie ma się pewności można go zastąpić czasem Past Simple:

"Używaj czasu Past Simple, jeśli nie jesteś pewien, czy czas Present Perfect będzie odpowiedni.

Jest to dobra strategia, ponieważ w większości przypadków można zastąpić czas Present Perfect czasem Past Simple, nie popełniając przy tym błędu. Twoje zdanie może brzmieć mniej naturalnie i mniej formalnie, ale nadal będzie to poprawne angielskie zdanie. Może nie jest to najlepszy wybór podczas pisania formalnego listu albo na egzaminie z angielskiego, ale w codziennych rozmowach jest jak najbardziej dopuszczalny. Na przykład, zamiast I've lost my wallet (Zgubiłem portfel.) możesz powiedzieć I lost my wallet."

Więc "Why did you stop?" też jest poprawne.