Po pierwsze:
Cytowane pytanie brzmi: Why have you stopped? Dlaczego się zatrzymałeś?
Jest to pytanie w czasie Present Perfect - czynność wydarzyła się tuż przed chwilą. To jedno z zastosowań tego czasu. A forma czasownika to "have/has" + Past Participle.
"Have/has" jest tu czasownikiem posiłkowym, tzn. służy do budowy czasu, bierze udział w tworzeniu pytań, przeczeń i krótkich odpowiedzi (podobnie jak "be" w czasie Present Continuous). Potem jest czasownik oznaczający czynność, który występuje tu w formie nazywanej Past Participle (odpowiednik naszego imiesłowu biernego), a jest to po prostu czasownik regularny z końcówką -ed lub 3 forma czasownika nieregularnego.

"Why are you stopped?" - to byłaby strona bierna w czasie Present Simple: "Dlaczego jesteś/bywasz zatrzymywany/zatrzymany?"

Nie przejmuj się. Ten czas występuje około lekcji 35. Na razie skup się na słowie pytającym "why", bo chyba o zilustrowanie tego słowa chodziło w tych kilku przykładach z różnych czasów. :)

mnie natomiast zastanawia czy możemy skonstruować w zdanie w nasepujący sposób

Why did you stop ?

Mam ogromny problem ze stosowaniem czasów, nigdy nie wiem którego użyć a jak za bardzo zaczynam analizowac i się zagłębiać to czuję się coraz głupsza;| angielski jest mi potrzebny w pracy a ja boję się, że nigdy nie panuje tego jakiego czasu mam w danej sytuacji użyć ;/