> Czy mógłby być zamiast past perfekt continous np. past simple?
Przede wszystkim, twoje przykładowe zdanie jest w Present Perfect Continuous, nie jak sugerujesz Past Perfect Continuous.
Poćwicz spokojnie użycie tych czasów.
Jest tak dużo notatek, przykładów, wyjaśnień, u can do it !

It has been raining for the whole week. = Padało przez cały tydzień. / Pada od początku tygodnia. / Pada od tygodnia.
Czas teraźniejszy w tym zdaniu sugeruje, że czynność jeszcze się nie zakończyła. Takie zdanie możemy powiedzieć wtedy, kiedy ten tydzień, w którym pada, jeszcze się nie zakończył (lub dalej pada).
W zdaniach"It was raining for the whole week" oraz "It rained for the whole week" użyto czasu przeszłego, więc czynność już się zakończyła, już nie pada lub tydzień, w którym padało już minął.

Tak samo jak zdanie "I haven't had breakfast this morning" powiesz wtedy, kiedy dalej jest rano i masz jeszcze szansę zjeść to śniadanie :). Jeśli "rano" jest już w przeszłosci i raczej nie będziesz mieć okazji już zjeść śniadania, powiesz "I didn't have breakfast this morning."

Pozdrawiam!