Te operatory to po prostu jedna z części składowych pytania, one się praktycznie zawsze pojawiają. Nie wiem jak długo uczysz się angielskiego, ale jak zauważysz z pytaniami we wszystkich czasach się tak robi. Zwykle kolejność w pytaniach to słówko pytające, np. when, where, how, potem operator, czyli w present simple does dla 3 os. l. poj. i do dla pozostałych osób, a potem dalsza część pytanie.
Wiem, że na pewno jest jakaś forma, chyba chodzi o pytania o podmiot, gdy operatorów się nie stawia. Ale ogólnie zasana jest taka jak napisałam, operator wstawiasz zawsze, zaraz po słówku pytającym, lub jesli nie jest ono potrzebne, to na samym początku pytania. To tak ogólnie i w uproszczeniu. Mam nadzieję, że to trochę pomogło :)

@Gevelka
>z pytaniami we wszystkich czasach się tak robi>
Nie. Wbrew pozorom, operatory 'do', 'does', did' stosujemy tylko w czasie Present Simple i Past Simple. W pozostałych czasach stosujemy inwersję, tak samo jak w przypadku czasowników modalnych i czasownika 'to be'.
Co więcej, jest reguła, jak piszesz, w pytaniach o podmiot operatora nie ma:
Who called?
What happened to Mary?
W takich przypadkach po prostu zastępuje się podmiot słówkiem pytającym.

A więc:
**Does** she go to school? (Present Simple)
What **do** you do on Mondays? (Present Simple)
**Did you go to school? (Past Simple)
Where **did** you go? (Past Simple)
ale:
Is she going to school? (Present Continuous)
Have you seen him? (Present Perfect)
Has he been drinking? (Present Perfect Continuous)
Will it happen? (Future Simple)
Will you be working tomorrow evening? (Future Continuous)
Had he been married before he met Anne? (Past Perfect)
To nie wszystkie czasy, ale zasada jest ta sama.

Czasowniki modalne też wymagają inwersji a nie operatora:
Can she wait for me?
Should we go there?

No i czasownik 'to be', co chyba oczywiste:
Are you stupid?
Is Mark home?