Proszę uprzejmie zauważyć, że krótka odpowiedź "Yes, she could have" jest odpowiedzią na pytanie "Could she have been wrong?", w którym to pytaniu mamy trzy czasowniki, z czego czasownikiem głównym jest "been". Wiemy to z konstrukcji gramatycznej tego zdania, która wygląda w ten sposób: MODAL VERB + HAVE + PAST PARTICIPLE.
PAST PARTICIPLE jest tutaj głównym czasownikiem, który pomijamy w krótkich odpowiedziach.

"Yes, you should" jest krótką odpowiedzią na pytanie "Should I take this from you?", w którym to pytaniu mamy dwa czasowniki, z czego czasownikiem głównym jest "take". Wiemy to z konstrukcji gramatycznej tego zdania, która wygląda w ten sposób: MODAL VERB + BARE INFINITIVE.
BARE INFINITIVE jest tutaj głównym czasownikiem, który pomijamy w krótkich odpowiedziach.

Proszę po prostu pamiętać, że w krótkich odpowiedziach pomijamy czasownik główny, a to co zostaje to czasownik posiłkowy (auxiliary verb), lub czasownik modalny, lub obydwa.

Inne tego typu sytuacje:
"Does she know that she will be fired soon?" - "I guess she does."
"Are going you the cinema with us tomorrow?" - "Sure, I am."